ご質問の内容では、相手方が自宅のローン残高を支払い、自宅を引き取ることを希望しているとのことですが、自宅の現在の市場価値がローンの残額よりも100万円高いという状況です。この場合、自宅の「プラスの資産」としての100万円については、財産分与の対象となると考えられます。

具体的には、相手方が自宅を引き取る場合には、市場価値とローン残高との差額である100万円をどのように分けるかが問題になります。この100万円は通常、双方が平等に分けるべき財産と考えられますが、最終的な分割比率は、両者の経済的状況や結婚生活中の各々の貢献度など、様々な要因を考慮して決定されることが一般的です。

また、相手方が自宅の価値以上の財産を受け取る場合、その他の財産（例えば現金やその他の資産）について、あなたがより多く受け取る形で調整されることも考えられます。

※離婚に伴う財産分与は複雑な問題であり、具体的な状況を踏まえた上での適切なアドバイスが重要です。専門の弁護士として、詳細な情報をもとに具体的な相談を受けることをお勧めします。