ご相談いただき、ありがとうございます。
まず、あなたの感覚はまったくおかしくありません。営業時間が終わっていても、片付けやお客様対応を求められているのであれば、それは「仕事」です。開店前の掃除や準備も同じです。お店から求められて動いている時間は、労働時間にあたります。本来は、その分の賃金が支払われるのが原則です。短時間だから、時給が高めだから、という理由で払わなくてよいということにはなりません。

また、愛媛県の最低賃金は現在1,033円です。昼の手伝いを時給1,000円で、と言われたのであれば、その時間については最低賃金を下回ります。夜の時給が1,200円であることとは別の話です。賃金は時間ごとに計算されます。

「高い時給を払っているんだから、そのくらいはしてほしい」という言い方は、気持ちとしては分かる部分もあるかもしれませんが、法律上の根拠にはなりません。働いた時間に対して賃金が支払われる、というのが基本です。

税金の処理については外からは断定できませんが、もし実際より低い金額で処理されているのであれば、将来の社会保険や年金などにも影響が出る可能性があります。ただ、今いちばん大切なのは、あなたの労働時間と賃金の問題です。そこをまず整理することが現実的です。

長年の知り合いだからこそ言いづらい、波風を立てたくない、その気持ちは自然です。でも、自分の時間を無償で差し出し続ける必要はありません。

まずは、実際に働いた時間を記録してみてください。出勤時刻、退勤時刻、片付けに何分かかったか、開店準備に何分かかったか。メモでもスマートフォンでもかまいません。これは責めるためではなく、自分を守るためです。

伝えるときは、強く出る必要はありません。
「営業時間外の準備や片付けの時間も、労働時間として扱っていただけないでしょうか」
と、確認の形で伝えるだけでも違います。感情をぶつけるより、事実として淡々と話すほうが通りやすいこともあります。

もし話し合いで改善しない場合は、労働基準監督署に相談するという選択肢もあります。相談は無料ですし、いきなり大事になるわけではありません。まずは状況を聞いてもらうだけでもかまいません。匿名での相談も可能です。

あなたはわがままを言っているのではありません。
働いた時間の対価を求めているだけです。

口下手でも、事なかれ主義でも、守られるべき権利があります。
「おかしいですよね？」というその感覚を、大切にしてください。

無理を続ける必要はありません。まずは、静かに記録を取るところから始めてみてください。